O abandono da agricultura tradicional permite a colonização por plantas vivazes tolerantes ao encharcamento (herbáceas), cuja densidade desfavorece as plantas anuais dos CTM, menos competitivas, sendo mais premente quanto mais efémero for o CTM. As actividades associadas à intensificação agrícola (mobilização do solo para terraplanagem e aprofundamento, drenagem, irrigação, fertilização) têm um impacte negativo superior nos CTM e são mais frequentes na área beneficiada pelo Aproveitamento Hidroagrícola do Mira.