As plantas exóticas com carácter invasor afectam particularmente as comunidades de terófitos dos CTM causando uma perturbação rápida e muitas vezes irreversível. Podem surgir no estrato herbáceo (Cotula coronopifolia, Carpobrotus edulis) ou no arbustivo ou arbóreo (como Arundo donax ou Acacia sp.).

Algumas espécies animais exóticas podem colonizar os charcos e constituir uma importante ameaça se estes forem transformados em corpos de água mais permanentes. Neste caso, podem ser colonizados por espécies predadoras exóticas, como o lagostim-vermelho-do-Louisiana (Procambarus clarkii), o achigã (Micropterus salmoides) ou a perca-sol (Lepomis gibbosus) entre outras, que se alimentam de ovos ou larvas de anfíbios e diversas espécies de invertebrados, como os Triops sp.

Animais e plantas exóticos causam perturbação por fenómenos de competição e predação, essencialmente sobre as espécies típicas dos CTM. É precisamente a sazonalidade na disponibilidade de água que impede a proliferação destas espécies nos charcos temporários, garantindo assim boas condições para a conservação da biodiversidade particular destes ecossistemas.