Quando é realizada nas imediações dos CTM, a irrigação de culturas modifica o regime hidrológico natural, factor abiótico determinante para todos os grupos de seres vivos dos CTM. Se as descargas dos canais de rega forem frequentes, o efeito no hidroperíodo do CTM é semelhante ao que se verifica com o afundamento. Acresce que, por vezes, a água disponibilizada para rega contribui para a disseminação de espécies que não são típicas das comunidades dos CTM, como é o caso de alguns peixes ou do lagostim-vermelho-do-Louisiana (Procambarus clarkii) e que tem um forte efeito de predação e competição, que não é comum neste tipo de habitats e que levam à degradação da comunidade faunística.