Aproveitando o facto de os terrenos terem um elevado grau de encharcamento, alguns agricultores optam por aprofundar e alargar a área do CTM e dispor de um reservatório de água permanente (charca). Este afundamento provoca alterações profundas nas comunidades vegetais e animais, uma vez que surgem espécies exclusivamente aquáticas levando ao progressivo desaparecimento de muitas espécies características dos charcos temporários. Esta alteração representa a destruição irreversível do habitat.