As alterações e destruição do habitat (remoção indiscriminada do coberto vegetal, implantação de algumas infra-estruturas, alterações na hidrologia e nos solos), têm vindo a promover a fragmentação deste tipo de habitats, remetendo-os para redutos residuais que ainda subsistem no SIC da Costa Sudoeste.

As actividades que de alguma forma provoquem a alteração do regime hidrológico são especialmente prejudiciais, pois alteram a duração e ou frequência dos períodos de inundação e seca. O isolamento e fragmentação do habitat aumentam a vulnerabilidade destes habitats às pressões antrópicas e aos fenómenos estocásticos.

A destruição dos CTM tem-se verificado a um ritmo acentuado nas últimas duas décadas, fomentando a fragmentação e diminuindo a conectividade de habitat, o que é agravado por os CTM se localizarem em terrenos privados. Esta falta de conectividade traduzir-se-á a médio-longo prazo no desaparecimento dos fragmentos representativos dos habitats considerados e eventualmente em extinções locais de metapopulações de flora e fauna.

O isolamento acentuado que se verifica entre alguns CTM ou entre os Núcleos/Complexos de CTM no SIC da Costa Sudoeste é mais notório no Concelho de Odemira, sobretudo na área do Aproveitamento Hidroagrícola do Mira e terá repercussões na flora e fauna associadas a este habitat.